Kemunculan orang Muslim pertama di Tibet masih tidak diketahui akibat tiada rekod rasmi yang dapat diperoleh, walaupun begitu nama orang Tibet banyak ditemui dalam buku sejarah Arab.

Ketika pemerintahan Khalifah Umaiyyah, Khalifah Umar bin Abdul Aziz , utusan dari Tibet dan China telah datang meminta menghantar pendakwah Islam ke negara mereka, dan salah seorang dari mereka yang dihantar ialah Salah bin Abdullah Hanafi. Pada pertengahan abad ke-8 dan ke-9, pemerintah Abbasiyah dari Baghdad mengekalkan hubungan dengan Tibet.

Bagaimanapun, terdapat sedikit sahaja di kalangan pendakwah yang datang pada peringkat awal, dan mereka inilah yang telah berkahwin dengan wanita tempatan dan menetap di sana. Pada tahun 710-720,ketika pemerintahan Mes-ag-tshoms, orang Arab, yang ketika itu lebih ramai di negara China telah datang ke Tibet dan bersekutu dengan Turki Timur Turkistan menentang pemerintahan China.

Ketika pemerintahan Sadnalegs (799-815), atau Tride Songtsän (Khri lde srong brtsan - lebih dikenali dengan nama Sadnalegs), terdapat juga perang menentang kekuasaan Arab di sebelah Barat. Ianya bermula apabila pihak Tibet telah menangkap sekumpulan kabilah Arab dan memaksa mereka berkhidmat dengan pihak Tibet di perbatasan Timur pada 801M. Pihak Tibet telah berjaya menguasai kawasan di sebelah Barat sehingga Samarkand dan Kabul.Tentera Arab mula bertindak balas atas perkara itu dan berjaya memaksa Gabenor kabul yang dikuasai Tibet untuk menyerah kalah dan beliau memeluk Islam sekitar tahun 812-815 Masihi.[1]

Abad ke-12 telah menyaksikan migrasi besar-besaran pedagang Muslim dari Kashmir dan Parsi ke Tibet, dan mereka menetap di Lhasa. Mengikut adat Arab, pedagang Arab lelaki yang telah menetap dan berkahwin dengan wanita Tibet, isterinya perlulah mengikuti agama suami. Pengislaman yang pertama mengambil tempat di Baltistan dan Lembah Suru dari abad ke-14 hingga abad ke-16, di mana majoriti yang menukar agama adalah orang Tibet Burig dan komuniti orang Balti.

Ketika pemerintahan Lozang Gyatso, Muslim Tibet mempunyai hidup yang senang, dan diberi keistimewaan.Pada abad ke-17, komuniti kecil Muslim Tibet hidup maju di Lhasa bekerja sebagai penyembelih dan penjual daging halal.

Bagaimanapun, kebanjiran imigran dari Kashmir dan penukaran status agama asal Buddha ke Islam telah menimbulkan konflik antara penganut Buddha dan Muslim terutamanya di Leh. Terdapat juga sesetengah kes yang melibatkan ahli keluarga daripada Soma Gompa dan Jama Masjid yang berselisih faham dan meningkatkan lagi ketegangan antara penganut Buddha dan Islam dari keluarga yg sama.

Selepas pendudukan Tibet pada 1959, sekumpulan Muslim Tibet telah memohon untuk mendapatkan kerakyatan negara India berdasarkan kepada asal usul mereka dari Kashmir dan ini diperakui oleh kerajaan India yang mengisytiharkan mereka sebagai warganegara kemudiannya.